Détecteur d'ORF (cadres ouverts de lecture)
ATG AAA CTG ATG CAT TAA CCC GGG ATG TTT TAA
Collez une séquence ADN : l'outil recherche, dans les six cadres de lecture (ou le brin direct seul), chaque codon de départ certain jusqu'au codon stop certain le plus proche, et rapporte pour chaque ORF trouvée son orientation, son cadre, ses positions de début et de fin sur le brin direct, sa longueur en nucléotides et en acides aminés, sa séquence ADN, sa séquence protéique, et si elle se termine par un stop ou reste ouverte en fin de séquence. Un codon ambigu (base IUPAC) n'est jamais traité comme un départ ou un stop tant que toutes ses réalisations possibles ne s'accordent pas sur ce statut.
Dossier scientifique
Ce que l'outil calcule, ce qu'il suppose, où il cesse d'être valable et d'où viennent ses données.
Méthode & formulesATG AAA CTG ATG CAT TAA CCC GGG ATG TTT TAA
ATG AAA CTG ATG CAT TAA CCC GGG ATG TTT TAA
Sur cette séquence, cadre +1 : le premier ATG (position 1) ouvre une ORF qui se termine au premier TAA (position 16-18), et le second ATG (position 10) ouvre sa propre ORF, plus courte. Jusqu'au même stop. Deux ORF imbriquées, toutes deux rapportées. Un troisième ATG plus loin (position 25) ouvre une nouvelle ORF jusqu'au TAA final.
- Codon de départ
- · codon qui initie la traduction, ATG (méthionine) par défaut ; GTG et TTG sont des départs alternatifs documentés chez les procaryotes, activables explicitement.
- Codon stop
- · codon (TAA, TAG ou TGA) qui termine la traduction, délimite la fin d’une ORF.
- ORF ouverte
- · ORF pour laquelle aucun codon stop n'a été trouvé avant la fin de la séquence saisie : elle continuerait potentiellement au-delà de ce qui a été fourni.
- ORF imbriquées
- · plusieurs codons de départ dans un même cadre, avant un même codon stop, produisent chacun leur propre ORF valide : cet outil les rapporte toutes, pas seulement la plus longue.
- Codon ambigu indéterminé
- · codon contenant une base IUPAC (N, R, Y...) dont les réalisations possibles ne s'accordent pas toutes sur le statut départ/stop : il n'est jamais traité comme une frontière d'ORF, pour ne jamais inventer une certitude que la séquence ne permet pas.
Domaine de validitéCette détection est purement séquentielle : elle repère un motif départ.
Cette détection est purement séquentielle : elle repère un motif départ.stop, rien de plus. Elle ne vérifie ni promoteur, ni site de fixation du ribosome, ni preuve d'expression réelle. Ni épissage (chez les eucaryotes, un gène peut être interrompu par des introns qu'aucune analyse de la seule séquence génomique ne peut détecter). Une ORF détectée est donc un candidat à examiner, jamais une preuve qu'un gène fonctionnel existe à cet endroit. Sur une longue séquence, de nombreuses ORF courtes apparaissent par pur hasard statistique : c'est pourquoi un filtre de longueur minimale est appliqué par défaut.
Cadre de lecture et ORF : deux notions distinctesUn cadre de lecture est un simple découpage de la séquence en codons consécutifs à partir d'un point de départ (trois choix possibles sur chaque brin, donc six au total).
Un cadre de lecture est un simple découpage de la séquence en codons consécutifs à partir d'un point de départ (trois choix possibles sur chaque brin, donc six au total). Une ORF (open reading frame, cadre ouvert de lecture) est une portion précise D'UN cadre : elle commence à un codon de départ (ATG par défaut) et se termine au premier codon stop rencontré ensuite dans ce même cadre, ou s'étend jusqu'à la fin de la séquence si aucun stop n'est trouvé. Un cadre de lecture peut contenir zéro, une ou plusieurs ORF.