Détecteur d'ORF (cadres ouverts de lecture)
Cadres ouverts de lecture (ORF) d'une séquence ADN sur les six cadres : position, longueur, protéine, bases ambiguës gérées.
La carte des cadres
En attente des grandeurs nécessaires au calcul.
Résultat
calcul à la commandeEn attente des grandeurs nécessaires au calcul.
Calcul, hypothèses et sources
PrésentationRecherche, sur les six cadres de lecture ou le brin direct seul, de chaque ORF allant d’un codon de départ certain au premier codon stop certain du même cadre.
Recherche, sur les six cadres de lecture ou le brin direct seul, de chaque ORF allant d’un codon de départ certain au premier codon stop certain du même cadre. Pour chacune : cadre, positions sur le brin direct, longueur en nucléotides et en acides aminés, séquences ADN et protéique, fermeture par un stop ou ouverture en fin de séquence.
Méthode & formulesATG AAA CTG ATG CAT TAA CCC GGG ATG TTT TAA
Dans le cadre +1, le premier ATG (position 1) ouvre une ORF close au premier TAA (positions 16–18) ; le second ATG (position 10) en ouvre une plus courte, imbriquée, jusqu'au même stop. Un troisième ATG (position 25) ouvre une nouvelle ORF jusqu'au TAA final.
- Codon de départ
- codon qui initie la traduction, ATG (méthionine) par défaut. GTG et TTG, départs alternatifs documentés chez les procaryotes, sont proposés en option.
- Codon stop
- codon (TAA, TAG ou TGA) qui termine la traduction et marque la fin d'une ORF.
- ORF ouverte
- ORF sans codon stop avant la fin de la séquence saisie ; elle peut se poursuivre au-delà.
- ORF imbriquées
- plusieurs codons de départ d’un même cadre, avant un même codon stop, ouvrent chacun une ORF. Toutes sont rapportées.
- Codon ambigu indéterminé
- codon contenant une base IUPAC (N, R, Y…) dont les lectures possibles ne s’accordent pas sur le statut départ ou stop. Il ne sert pas de borne d’ORF.
Domaine de validitéLa recherche est purement séquentielle.
La recherche est purement séquentielle. Promoteur, site de fixation du ribosome, épissage, biais d’usage des codons et preuve d’expression ne sont pas examinés ; chez les eucaryotes, des introns peuvent interrompre un gène. Une ORF trouvée est une candidate, pas la preuve d’un gène fonctionnel. Sur une longue séquence, de nombreuses ORF courtes apparaissent par hasard, d’où le filtre de longueur minimale appliqué par défaut.
Cadre de lecture et ORFUn cadre de lecture découpe la séquence en codons consécutifs à partir d’un point de départ : trois cadres par brin, six au total.
Un cadre de lecture découpe la séquence en codons consécutifs à partir d’un point de départ : trois cadres par brin, six au total. Une ORF (open reading frame) commence à un codon de départ (ATG par défaut) et se termine au premier codon stop du même cadre, ou à la fin de la séquence.