Traducteur ADN → protéine
Séquence ADN traduite en protéine dans l'un des six cadres (+1, +2, +3, −1, −2, −3) : codons, acides aminés en 1 ou 3 lettres, codons stop.
La séquence et ses six cadres
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Résultat
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Calcul, hypothèses et sources
PrésentationTraduction d’une séquence ADN par le code génétique standard, dans l’un des six cadres (+1, +2, +3 sur le brin direct, −1, −2, −3 sur le complément inverse) ou dans les six.
Traduction d’une séquence ADN par le code génétique standard, dans l’un des six cadres (+1, +2, +3 sur le brin direct, −1, −2, −3 sur le complément inverse) ou dans les six. Chaque codon reçoit son acide aminé en 1 et en 3 lettres et sa position sur le brin direct ; les codons stop et le codon incomplet final sont signalés.
Méthode & formulesATG → M (Met)
Un codon contenant une base ambiguë (N, R, Y…) est traduit pour chacune de ses combinaisons ; l’acide aminé n’est certain que si toutes donnent le même.
- Codon
- groupe de 3 bases consécutives, unité de lecture du code génétique.
- Cadre de lecture
- point de départ du découpage en codons. Un décalage de 1 ou 2 bases donne une autre protéine.
- Cadre inverse (−1, −2, −3)
- cadre lu sur le complément inverse, dans son propre sens 5'→3'. Les positions restent celles du brin direct.
- Codon stop
- codon (TAA, TAG ou TGA) qui termine la traduction, noté « * ».
- Codon incomplet
- 1 ou 2 bases restantes en fin de séquence, non traduites.
- Xaa (X)
- codon ambigu (base IUPAC) dont les combinaisons codent des acides aminés différents.
Domaine de validitéLes cadres de lecture ouverts (ORF) ne sont pas détectés (voir le détecteur d’ORF).
Les cadres de lecture ouverts (ORF) ne sont pas détectés (voir le détecteur d’ORF). Seul le code génétique standard est disponible, sans code mitochondrial.
Le code génétiqueLe code génétique standard associe un acide aminé à chaque codon.
Le code génétique standard associe un acide aminé à chaque codon. 61 des 64 codons codent l’un des 20 acides aminés ; les 3 autres (TAA, TAG, TGA) sont des codons stop.
ExempleEn cadre +1, atgcattaa donne ATG (méthionine, M), CAT (histidine, H) et TAA (stop), soit la protéine « MH ».
En cadre +1, atgcattaa donne ATG (méthionine, M), CAT (histidine, H) et TAA (stop), soit la protéine « MH ».