Traducteur ADN → protéine
ATG → M (Met)
Collez une séquence ADN et choisissez un cadre de lecture parmi les six (+1, +2, +3 direct, −1, −2, −3 sur le complément inverse), ou affichez-les tous à la fois : l'outil découpe la séquence en codons et les traduit selon le code génétique standard, avec les représentations 1 lettre et 3 lettres, la position de chaque codon sur le brin direct, la détection des codons stop et du codon incomplet en fin de séquence. Un codon contenant une base IUPAC ambiguë n'est traduit avec certitude que si toutes ses possibilités codent le même acide aminé.
Dossier scientifique
Ce que l'outil calcule, ce qu'il suppose, où il cesse d'être valable et d'où viennent ses données.
Méthode & formulesATG → M (Met)
ATG → M (Met)
TAA, TAG, TGA → * (Stop)
CTN → L (Leu), certain malgré la base ambiguë N
Chaque codon se lit dans la table du code génétique standard (61 codons vers un acide aminé, 3 codons stop). Un codon contenant une base ambiguë (N, R, Y...) suit la même table sur chacune de ses combinaisons possibles : le résultat n'est certain que si toutes mènent au même acide aminé.
- Codon
- · groupe de 3 bases consécutives, unité de lecture du code génétique.
- Cadre de lecture
- · point de départ du découpage en codons : décaler le début de 1 ou 2 bases change entièrement la protéine obtenue.
- Cadre inverse (−1, −2, −3)
- · cadre lu sur le complément inverse de la séquence (le brin opposé, dans le sens 5'→3' qui lui est propre). Les positions rapportées restent toujours celles du brin direct saisi, pour rester comparables entre les six cadres.
- Codon stop
- · codon (TAA, TAG ou TGA) qui ne code aucun acide aminé et termine la traduction, noté « * ».
- Codon incomplet
- · 1 ou 2 bases restantes en fin de séquence, insuffisantes pour former un codon : jamais traduites.
- Xaa (X)
- · symbole utilisé quand un codon ambigu (base IUPAC) pourrait coder plusieurs acides aminés différents selon la base réelle. Aucun résidu n'est deviné.
Domaine de validitéLe mode six cadres affiche un résumé par cadre (protéine, position, codons stop) plutôt que le détail codon par codon des six cadres à la fois, pour rester lisible sur mobile et raisonnable en mémoire sur une longue séquence : ce détail complet reste disponible via l'export CSV.
Le mode six cadres affiche un résumé par cadre (protéine, position, codons stop) plutôt que le détail codon par codon des six cadres à la fois, pour rester lisible sur mobile et raisonnable en mémoire sur une longue séquence : ce détail complet reste disponible via l'export CSV. Cet outil ne détecte pas encore automatiquement les cadres de lecture ouverts (ORF, entre un codon start et un codon stop, voir le détecteur d'ORF dédié) et ne propose pas d'autre table de code génétique (mitochondrial, etc.). Une extension possible sans changement d'architecture, pas encore construite.
Le code génétiqueChaque groupe de 3 bases (un codon) code un acide aminé, selon une table fixée par convention (le code génétique standard, utilisé ici).
Chaque groupe de 3 bases (un codon) code un acide aminé, selon une table fixée par convention (le code génétique standard, utilisé ici). 61 des 64 codons possibles codent l'un des 20 acides aminés ; les 3 restants (TAA, TAG, TGA) sont des codons stop qui terminent la traduction.
ExempleLa séquence atgcattaa, cadre +1, se découpe en ATG (méthionine, M), CAT (histidine, H) et TAA (stop) : la protéine obtenue est « MH » suivie d'un arrêt de traduction.
La séquence atgcattaa, cadre +1, se découpe en ATG (méthionine, M), CAT (histidine, H) et TAA (stop) : la protéine obtenue est « MH » suivie d'un arrêt de traduction. Changer de cadre (+2, +3, ou les cadres inverses −1 à −3) découpe la même séquence en codons complètement différents ; le mode « six cadres » les affiche tous en une fois, avec pour chacun sa position de départ sur le brin direct.