Analyseur de séquence ADN
Analyse d’une séquence ADN : composition en bases, taux GC, complément et complément inverse, codes IUPAC ambigus pris en charge.
La composition le long de la séquence
301 bases · fenêtre 25taux GC de la fenêtreincertitude des bases ambiguëstaux GC de toute la séquencela fenêtre courante, sur la séquence
La lecture fait varier uniquement la position de la fenêtre, d’un bout à l’autre de la séquence en douze secondes environ, et chaque image est entièrement recalculée.
- Taux GC
- (G + C) / N = 150 / 301 = 49,8339 %
- Fenêtre
- 25 bases, impaire, glissée sur toute la séquence · 139 points tracés
- Composition
- 301 bases déterminées, aucune ambiguë
Remarques (2)
L’ordonnée va de 0 à 100 %, sans recadrage.
Profil lissé sur une fenêtre glissante de 25 bases : un écart au taux global signale une région localement riche en GC ou en AT.
Résultat
calcul continu- Longueur totaleN
- 301 bases
- Bases déterminéesNd
- 301
Calcul, hypothèses et sources
PrésentationComposition en bases, taux GC, complément et complément inverse d’une séquence ADN collée en FASTA ou brute, avec ou sans numérotation.
Composition en bases, taux GC, complément et complément inverse d’une séquence ADN collée en FASTA ou brute, avec ou sans numérotation. Les caractères invalides sont signalés ; les codes d’ambiguïté IUPAC sont pris en charge.
Méthode & formulesA ↔ T
Dans l’ADN double brin, l’adénine (A) s’apparie à la thymine (T) et la guanine (G) à la cytosine (C) (règle de Watson-Crick). Les codes IUPAC ambigus suivent la même règle : le complément de R (A ou G) est Y (C ou T).
- R
- purine, A ou G.
- Y
- pyrimidine, C ou T.
- S
- fort, 3 liaisons hydrogène, G ou C.
- W
- faible, 2 liaisons hydrogène, A ou T.
- K
- céto, G ou T.
- M
- amino, A ou C.
- B, D, H, V
- toute base sauf A, C, G ou T respectivement.
- N
- n'importe quelle base, A, C, G ou T.
Domaine de validitéUn code ambigu qui peut valoir G ou C comme A ou T (R, N…) donne un taux GC en intervalle ; S (G ou C) et W (A ou T) le laissent exact.
Un code ambigu qui peut valoir G ou C comme A ou T (R, N…) donne un taux GC en intervalle ; S (G ou C) et W (A ou T) le laissent exact. La stabilité d’une séquence et sa température de fusion dépendent aussi de la longueur, de l’ordre des bases (empilement), de la force ionique et de la concentration.
Taux GC : définitionLe taux GC est la proportion de guanine (G) et de cytosine (C) dans la séquence, en pourcentage.
Le taux GC est la proportion de guanine (G) et de cytosine (C) dans la séquence, en pourcentage. Il varie selon les organismes et les régions du génome. Les paires G-C, à 3 liaisons hydrogène, sont plus stables thermiquement que les paires A-T, à 2 liaisons.
Complément et complément inverseLe complément remplace chaque base par sa complémentaire.
Le complément remplace chaque base par sa complémentaire. Le complément inverse le lit à rebours : c’est le brin apparié, lu dans son sens 5'→3' (les brins sont antiparallèles), qui sert à concevoir une amorce sur le brin opposé.
Site de restriction EcoRIGAATTC est le site reconnu par l’enzyme de restriction EcoRI.
GAATTC est le site reconnu par l’enzyme de restriction EcoRI. C’est un palindrome : son complément inverse est la séquence elle-même, comme pour la plupart des sites des enzymes de restriction de type II.