Analyseur de séquence ADN
A ↔ T
Collez une séquence ADN (FASTA, brute, avec ou sans numérotation) : l'outil la normalise, détecte les caractères invalides, calcule la composition en bases, le taux GC, et produit le complément et le complément inverse. Les codes d'ambiguïté IUPAC sont pris en charge explicitement, sans jamais inventer une précision que la séquence ne permet pas.
Dossier scientifique
Ce que l'outil calcule, ce qu'il suppose, où il cesse d'être valable et d'où viennent ses données.
Méthode & formulesA ↔ T
A ↔ T
G ↔ C
Dans l'ADN double brin, chaque base s'apparie avec sa base complémentaire selon la règle de Watson-Crick : l'adénine (A) avec la thymine (T), la guanine (G) avec la cytosine (C). Cette règle s'étend aux codes IUPAC ambigus (ex. R, purine A/G, se complémente en Y, pyrimidine C/T).
- R
- · purine, A ou G.
- Y
- · pyrimidine, C ou T.
- S
- · fort, 3 liaisons hydrogène, G ou C.
- W
- · faible, 2 liaisons hydrogène, A ou T.
- K
- · cétone, G ou T.
- M
- · amino, A ou C.
- B, D, H, V
- · toute base sauf A, C, G ou T respectivement.
- N
- · n'importe quelle base, A, C, G ou T.
Domaine de validitéUn taux GC exact n'est affiché que lorsque chaque position de la séquence a un statut GC certain.
Un taux GC exact n'est affiché que lorsque chaque position de la séquence a un statut GC certain. Dès qu'un code ambigu peut correspondre à une base GC ou non (par exemple R, N). L'outil affiche un intervalle plutôt qu'une valeur unique inventée. Sauf pour S et W, dont les deux bases possibles ont le même statut GC (toujours pour S, jamais pour W), auquel cas le taux reste exact malgré l'ambiguïté de la base exacte. Le taux GC seul ne suffit pas à conclure sur la stabilité d'une séquence ou sa température de fusion réelle : celles-ci dépendent aussi de la longueur, de l'ordre des bases (empilement) et des conditions expérimentales (force ionique, concentration).
Taux GC : définitionLe taux GC est la proportion de bases guanine (G) et cytosine (C) dans une séquence, exprimée en pourcentage.
Le taux GC est la proportion de bases guanine (G) et cytosine (C) dans une séquence, exprimée en pourcentage. Il varie fortement selon les organismes et les régions du génome, et influence des propriétés physiques de l’ADN (les paires G-C, à 3 liaisons hydrogène, sont plus stables thermiquement que les paires A-T, à 2 liaisons).
Complément et complément inverseLe complément remplace chaque base par sa base complémentaire, dans le même ordre de lecture.
Le complément remplace chaque base par sa base complémentaire, dans le même ordre de lecture. Le complément inverse fait la même substitution puis lit le résultat en sens inverse : c'est lui qui correspond au brin réellement apparié dans l'ADN double brin (le brin complémentaire se lit dans le sens 5'→3' opposé au brin de référence), et c'est cette séquence qu'on utilise pour concevoir une amorce sur le brin opposé.
Exemple réelGAATTC est le site de restriction reconnu par l'enzyme EcoRI : c'est un palindrome biologique, son complément inverse est identique à la séquence de départ, propriété caractéristique des sites de restriction à double brin.
GAATTC est le site de restriction reconnu par l'enzyme EcoRI : c'est un palindrome biologique, son complément inverse est identique à la séquence de départ, propriété caractéristique des sites de restriction à double brin.